ZotSpip se sincroniza con regularidad (aproximadamente cada cuatro horas) con el servidor Zotero. Solamente se toman en cuenta las últimas modificaciones (desde la última sincronización) En caso necesario, pueden forzar una actualización completa de la base de datos, entonces todas las referencias vuelven a descargarse. ( si su librería es grande , esta sincronización se realizara en múltiples pasos , solamente se puede sincronizar simultáneamente 50 referencias ). La sincronización se realiza en múltiples pasos, (referencias, colecciones Zotero, limpieza de elementos suprimidos).